Gerçek Bakteriler
Laboratuar kültürleri üzerinde yapılan karşılaştırmalı ribozomal RNA 16S alt birimi sekans (dizilim) analizine dayanarak 14 Bakteri alemi belirlenmiştir. Mikrobiyel habitatlardan alınan örneklerin araştırılmasıyla da bunların dışında bir miktar daha alem tanımlanmıştır. Fakat, Bacteria'nın içinde gerçekte bulunan alem sayısının bundan çok daha fazla, büyük olasılıkla 50'nin üzerinde olduğu düşünülmektedir. Bu da demek oluyor ki, bizim laboratuar kültürlerinden bildiğimiz bakteriler buzdağının yalnızca görünen kısmı.
Bacteria içindeki Spirochetes ve Cyanobacteria gibi bazı dallar daha önceden, morfoloji, fizyoloji gibi fenotipik özellikleri göz önünde bulundurularak ayrılmışlar. Fakat diğer şubelerin çoğunda bulunan türler arasında oldukça fazla fenotipik farklılıklara rastlanıyor. Proteobacteria buna iyi bir örnek çünkü bu grup içinde rastlanan fizyolojik özelliklerin toplamı, mikroorganizmalarla ilgili olarak bilinen tüm fizyolojik özelliklerin neredeyse tamamına yakındır. Bu yüzden günümüzde bakterilerin sınıflandırılması, genetik özellikler temel alınarak yapılmaktadır.
Filogenetik olarak en eski olan bakteri grubu, tamamı hipertermofilik H2 kemolitotrofları olan Aquifex cinsini ve akrabalarını içerir. Buna yakın diğer soylar olan Thermodesulfobacterium, Thermotoga ve yeşil kükürtsüz bakteriler (Cholorofexus grubu) gibi gruplar da termofilik türler içerir.
Yeşil kükürtsüz bakterileri geçtikten sonra sırasıyla radyasyona yüksek derecede dirençli olan Deinococcus'u içeren deinococci ve akrabalarının, kendilerine özgü morfolojileriyle spiroketlerin (Spirochetes), fototrofik yeşil sülfür bakterilerinin, kemoorganotrofik Flavobacteria grubunun, tomurcuklanan bakteriler olan ve hücre duvarında peptidoglikan bulunmayan Plantomces / Pirella'nın, insanlarda ve diğer hayvanlarda hastalık yapan ve zorunlu hücre içi parazitler olan Chlamydia'nın ve morfolojik açıdan yine kendine özgü özellikleri olan Nitrospira'nın geldiğini görürüz.
Gram pozitif bakteriler, Cyanobacteria, ve Proteobacteria grupları, hakkında en çok bilgi sahibi olunan ve oldukça fazla sayıda cins içeren gruplardır.
Laboratuar kültürleri üzerinde yapılan karşılaştırmalı ribozomal RNA 16S alt birimi sekans (dizilim) analizine dayanarak 14 Bakteri alemi belirlenmiştir. Mikrobiyel habitatlardan alınan örneklerin araştırılmasıyla da bunların dışında bir miktar daha alem tanımlanmıştır. Fakat, Bacteria'nın içinde gerçekte bulunan alem sayısının bundan çok daha fazla, büyük olasılıkla 50'nin üzerinde olduğu düşünülmektedir. Bu da demek oluyor ki, bizim laboratuar kültürlerinden bildiğimiz bakteriler buzdağının yalnızca görünen kısmı.
Bacteria içindeki Spirochetes ve Cyanobacteria gibi bazı dallar daha önceden, morfoloji, fizyoloji gibi fenotipik özellikleri göz önünde bulundurularak ayrılmışlar. Fakat diğer şubelerin çoğunda bulunan türler arasında oldukça fazla fenotipik farklılıklara rastlanıyor. Proteobacteria buna iyi bir örnek çünkü bu grup içinde rastlanan fizyolojik özelliklerin toplamı, mikroorganizmalarla ilgili olarak bilinen tüm fizyolojik özelliklerin neredeyse tamamına yakındır. Bu yüzden günümüzde bakterilerin sınıflandırılması, genetik özellikler temel alınarak yapılmaktadır.
Filogenetik olarak en eski olan bakteri grubu, tamamı hipertermofilik H2 kemolitotrofları olan Aquifex cinsini ve akrabalarını içerir. Buna yakın diğer soylar olan Thermodesulfobacterium, Thermotoga ve yeşil kükürtsüz bakteriler (Cholorofexus grubu) gibi gruplar da termofilik türler içerir.
Yeşil kükürtsüz bakterileri geçtikten sonra sırasıyla radyasyona yüksek derecede dirençli olan Deinococcus'u içeren deinococci ve akrabalarının, kendilerine özgü morfolojileriyle spiroketlerin (Spirochetes), fototrofik yeşil sülfür bakterilerinin, kemoorganotrofik Flavobacteria grubunun, tomurcuklanan bakteriler olan ve hücre duvarında peptidoglikan bulunmayan Plantomces / Pirella'nın, insanlarda ve diğer hayvanlarda hastalık yapan ve zorunlu hücre içi parazitler olan Chlamydia'nın ve morfolojik açıdan yine kendine özgü özellikleri olan Nitrospira'nın geldiğini görürüz.
Gram pozitif bakteriler, Cyanobacteria, ve Proteobacteria grupları, hakkında en çok bilgi sahibi olunan ve oldukça fazla sayıda cins içeren gruplardır.
