Göz rengi, gözde ne kadar pigment olduğuna bağlıdır. Çok pigment varsa kahverengi oluşur, biraz pigment varsa yeşil, pigment azsa veya hiç yoksa mavi oluşur. Hiç pigmentin bulunmadığı durumda gözlerin mavi görünmesinin nedeni apayrı bir makalemizin konusu olabilir. Fakat basitçe anlatmak gerekirse, gözümüzün renkli bölgesi olan irisin iki katmanlı yapısının bununla ilgisi olduğunu söyleyebiliriz. İris içerisindeki arka katmanda her zaman çok miktarda melanin pigmenti vardır. Dolayısıyla gözünüz mavi de olsa, kahverengi de olsa bu bölgedeki pigment miktarı hemen hemen aynıdır. Ön tabakadaki miktar ise, göz rengini belirler. Hatta bu pigmentin yoğunlaştığı ve seyreldiği bölgeler de, bir göz içerisindeki renk farklılıklarını ve desenleri oluşturur. Ön katmanda az pigment varsa (veya neredeyse hiç yoksa), ışık bu katmandan geçerek arka katmana çarpar, büyük oranda soğrulur, bir kısmı yansır. Yansıyan kısım, ön katmandaki bükük kolajen dokusundan geçerek dışarı ulaşır. Bükülmüş kolajen sadece mavi dalga boyunu geçirebildiği için, göz mavi renkte gözükür. Dolayısıyla göz rengini belirleyen unsur, iristeki ön pigment katmanındaki melanin miktarıdır.
